Los mejores programas para crear árboles filogenéticos

Qué programas se pueden emplear para generar un árbol filogenético

La Bioinformática ha revolucionado la investigación en áreas como la biología. Los biólogos utilizan programas para alinear secuencias y crear estructuras, que son cruciales para analizar los resultados de estos programas de software. De esta manera, se han logrado descubrimientos como la identificación de nuevas especies, la determinación de la especie a la que pertenece una muestra de un ser vivo y el desarrollo de nuevas curas.

Identificar la especie de un ser vivo o descubrir una nueva especie no es una tarea fácil. No solo se trata de que la muestra en análisis y la especie conocida coincidan morfológicamente, sino que también sus características genéticas deben estar relacionadas de alguna manera para demostrar que la muestra pertenece a una especie existente. Para identificar una muestra, se debe realizar una extracción de ADN y, una vez obtenidas sus secuencias, se realiza el análisis con ayuda de programas como bioEdit, genDoc, Mega, Autodimer, Dnasp5 (para alinear y analizar secuencias de ADN), PAUP, Mr. Bayes, Beast y Dambe (para la creación de árboles filogenéticos ). Luego, se analizan los resultados obtenidos.

En este artículo, se trabajó con un grupo de muestras de una especie desconocida. Según el estudio morfológico realizado a dicha muestra, pertenecía a la especie lepidópteros; sin embargo, esta relación no se podía aceptar como un hecho, ya que un estudio de este tipo puede no dar resultados ciertos.

Alineamiento de secuencias de ADN

Según el modelo propuesto por Watson y Crick, la molécula de ADN está compuesta por dos hebras helicoidales (Torres, 2007), cada una siguiendo una secuencia de nucleótidos {A;T;C;G}, y formando parejas de {C;G} y {A;T} entre las dos hélices (Ferrández, Hernández & Pastor, 2003).

Una vez extraído el ADN de una muestra, se obtienen dos secuencias de ADN (forward y reverse). Deben guardarse cada una en un documento con formato FASTA. Se debe realizar un BLAST a la secuencia forward, que consiste en hacer una búsqueda en una base de datos de secuencias de ADN para encontrar datos similares y verificar si el amplificador es correcto (Altschul, Madden, Schäffer1, Zhang, Zhang2, Miller2 & Lipman, 1997).

Bioedit

Bioedit es un editor de alineamiento de secuencias, sumamente amigable con el usuario (Hall, 1999). Con este programa, se realizaron tres pasos importantes: reverso complementario, algoritmo Smith-Waterman y algoritmo Needleman-Wunsch.

Reverso complementario

El reverso de una secuencia simplemente consiste en revertir la hilera dada, y el complemento, en cambiar los nucleótidos A con T o C con G, y viceversa. El reverso complementario convierte una secuencia de ADN en su reversa y luego aplica el complemento. Se realiza a cada secuencia reverse de las muestras de ADN. Los pasos para realizar esto en el programa son los siguientes: Sequence->Nucleic Acid->Reverse Complement.

Algoritmo Smith-Waterman

Este algoritmo de alineamiento de secuencias local encuentra y alinea las regiones similares entre dos hileras (Smith y Waterman, 1970), con el fin de asegurarse de que la secuencia de ADN realmente es la óptima, y coinciden un cien por ciento. En este paso, aplicados los cambios anteriores a las secuencias reverse, se realiza el alineamiento con sus secuencias forward correspondientes. Las instrucciones para ejecutar el algoritmo son las siguientes: Alignment ->Local Alignment.

Algoritmo de Needleman-Wunsch

El algoritmo de alineamiento global, se basa en alinear y mostrar dónde calzan en forma perfecta o casi perfecta las secuencias (Needleman y Wunsch, 1970). Una vez ya alineada cada muestra con su forward y reverse, se ejecuta en todas las secuencias editadas. Las instrucciones para ejecutar el algoritmo son las siguientes: Accessory Application->ClustalW Multiple Alignment. Finalmente, se deben guardar todas las secuencias juntas y alineadas en un documento formato FASTA.

Es importante realizar los pasos anteriores, debido a que los resultados obtenidos servirán para un análisis con menor riesgo de errores, y mayor precisión. Mediante la aplicación de los pasos anteriores en el análisis de las secuencias de ADN de lepidópteros, se demostró que todas pertenecían a una misma especie, ya que presentaban pocas mutaciones y eran muy similares.

Árboles filogenéticos

La filogenia molecular y aplicaciones como PAUP, Mr. Bayes y Beast, entre otras, son usadas en investigaciones comparativas en genética. Algunos estimadores filogenéticos se basan en un modelo explícito de la evolución de nucleótidos para estimar parámetros evolutivos tales como longitudes de rama y topología del árbol. Los árboles filogenéticos son generados para analizar las relaciones evolutivas observadas y obtener información a partir de ellas, de manera que facilitan encontrar la divergencia de linajes, o la relación entre ellos (Bos y Posada, 2005).

Para la creación del árbol filogenético de las muestras de ADN obtenidas, morfológicamente parecidas a lepidópteros, con el fin de determinar si había relación con las secuencias de ADN de lepidópteros, obtenidas de una base de datos, se utilizaron los programas PAUP, Mr. Bayes y Beast.

Se obtuvo un árbol filogenético que demostró que las muestras no pertenecían a la especie de los lepidópteros, debido a que no presentaban relación alguna con esta especie, pero sí gran similitud entre ellas. Al parecer, se reveló el descubrimiento de una nueva especie, actualmente con nombre desconocido. Por otro lado, con el uso de estos programas de software, se concluyó que no son tan amigables con el usuario que no tiene conocimiento de comandos de línea.

Qué programas son usados en filogenia molecular

La filogenia es el estudio de las relaciones evolutivas. Un análisis filogenético no solo nos indica las relaciones evolutivas entre las secuencias o especies, cuales descienden de ancestros comunes, también puede indicarnos cuales son las distancias entre ellas. Los métodos de reconstrucción filogenética más habituales asumen que todas las secuencias o especies provienen de partir un ancestro común mediante bifurcaciones.

Asímismo asumen que todas las secuencias o especies de las que tenemos información son especies actuales y que ninguna de ellas es un antepasado de cualquiera de las otras. Si estas condiciones no se cumpliesen no sería correcto intentar reconstruir una filogenia mediante los métodos que vamos a comentar. Por ejemplo, si estamos comparando poblaciones pertenecientes a una especie no tiene por que cumplirse que las distintas poblaciones se hayan originado por una simple bifurcación de las anteriores. Es común que varias poblaciones se mezclen por migración y esto no se tiene en cuenta en los métodos de reconstrucción filogenética.

Los métodos filogenéticos nos permiten reconstruir su el árbol que representa la historia evolutiva de las especies a partir de las evidencias experimentales de las que dispongamos. Algunos tipos de evidencias que pueden ser utilizados son:

• Datos morfológicos
• Genotipos
• Secuencias de ADN o de proteínas.

Algunas de las metodologías utilizadas por la filogenética, cómo por ejemplo los árboles UPGMA, son también utilizadas comúnmente en otros ámbitos como, por ejemplo, en el de la taxonomía. En estos casos no se está reconstruyendo una historia evolutiva sino únicamente las relaciones de similitud entre los distintos grupos o individuos clasificados.

Presentación filogenia

Estrictamente hablando las especies no tienen porqué tener una única filogenia. Distintos genes pueden haber tenido una historia distinta. En este caso se podría calcular la filogenia de cada gen o una filogenia consenso de la especie.

Introducción a la filogenia

Los métodos filogenéticos reconstruyen árboles (dendrogramas) en los que las ramas y los nodos unen diferentes taxones. Estos taxones pueden ser especies, individuos, genes, etc. Al recorrer las ramas desde los nodos terminales hacia nodo original recorremos la historia evolutiva de ese gen o organismo.

En filogénia se suele utilizar una serie de términos específicos. Un dendograma es un árbol que representa las relaciones entre los distintos nodos. Un Clado es una rama del árbol. Representa un conjunto de especies emparentadas por un antepasado común. Un taxón es un clado al que le ha asignado una categoría taxonómica. Un filograma es un dendograma en el que la longitud de las ramas se corresponde con el número de cambios o con las distancia entre los nodos.

En un árbol ultramétrico todas las ramas desde el antepasado común hasta el actual tienen el mismo tamaño.

La raíz es la base de todas las ramas. Los árboles pueden clasificarse en árboles con y sin raíz.

Monofilético el el grupo que sólo incluye ramas que provienen de un único antecesor común. Un grupo polifilético incluye ramas que provienen de varios antepasados, por ejemplo, el de los gusanos sería un grupo polifilético. Por último un grupo se denomina parafilético si todos sus miembros provienen de un antepasado común, pero no incluye todos los descendientes del mismo, los reptiles son un ejemplo de grupo parafilético puesto que no incluye a las aves. Una politomía es un nodo sin resolver del que parten varias ramas.

Topología

Un dendograma puede ser representado gráficamente de distintos modos equivalentes. Hemos de ser cautos a la hora de decidir qué dendrogramas son distintos y cuales no lo son.

filogenias basadas en secuencias

Las filogenias pueden construirse con datos de muchos tipos, pero en este curso nos centraremos en las creadas a partir de secuencias de ADN o proteína. Al utilizar un método de reconstrucción filogenética estaremos asumiendo una serie de premisas:

• Cada secuencia es correcta y pertenece a su organismo.
• Las secuencias son homólogas y se han originado a partir de un ancestro común.
• Cada posición de una secuencia del alineamiento es homóloga a la del resto de secuencias.
• Las secuencias evolucionan con un patrón al azar.
• Las posiciones del alineamiento evolucionan independientemente unas de otras.
• No existe intercambio de información genética entre los diferentes organismos (recombinación).

Además, al hacer el árbol asumimos que las secuencias utilizadas incluyen información suficiente como para resolver el problema. Esta es una asunción que podemos y debemos comprobar por algún método estadístico. Por último, hay que tener en cuenta que si pretendemos reconstruir un árbol de especies y estamos utilizando una o varias secuencias para hacerlo hemos de asumir que las secuencias elegidas son representativas de las especies incluidas en el análisis. Si no fuese así estaríamos generando un árbol correcto de secuencias, pero no de especies. Conviene recordar cuales son los distintos tipos de homologías:

• Ortólogo: Secuencias homólogas de dos especies diferentes y que provienen de una secuencia común.
• Parálogo: Secuencias homólogas de un mismo organismo. Provenientes de duplicaciones génicas.
• Xenólogo: Secuencias homólogas de dos especies diferentes pero provienen de una transferencia horizontal.

Alineamientos de secuencias como base de los árboles filogenéticos

Los árboles filogenéticos se pueden construir a partir de alineamientos múltiples de secuencias. Ya hemos mencionado que en este caso estamos asumiendo que cada posición en el alineamiento es homóloga. Por lo tanto, construir un buen alineamiento es esencial para la resolución del árbol. La edición manual de los alineamientos es habitual para conseguir el mejor posible. Como vimos la mayoría de los programas de alineamiento nos dan una solución subóptima (la mejor posible utilizando pocos recursos del sistema), por lo tanto resulta conveniente revisar los alineamientos antes de realizar los árboles. En general los problemas suelen acumularse en las regiones más variables en las que hay muchas sustituciones o muchos gaps. En estos casos podríamos estar incluyendo posiciones que no son homólogas con lo que estaríamos introduciendo una información espúrea en el análisis. Esta revisión de los alineamiento podemos realizarla con programas desarrollados para tal fin. El Gbloks selecciona bloques según su nivel de conservación y elimina aquellas regiones con gaps o no conservadas para obtener bloques altamente conservados. El trimAI elimina regiones no conservadas y espúreas teniendo en cuenta diferentes parámetros como el número de secuencias con gaps en una posición, regiones con nivel bajo de similitud, etc.

Métodos de construcción de árboles

Existen muchos métodos de construcción de árboles. Pueden ser clasificados en distintas familias según se basen en:

• distancias.
• parsimonia.
• máxima verosimilitud.
• bayesianos.

Cálculo de distancias

La distancia es una medida del grado de divergencia entre dos secuencias. Utilizamos la distancia como una aproximación al tiempo desde que las dos secuencias se separaron. En este caso lo primero que se hace es generar una matriz de distancias por parejas de secuencias a partir del alineamiento múltiple. En estos métodos toda la información de similitudes y diferencias entre dos secuencias queda resumida por un simple número. Existen diferentes estadísticos para calcular la distancia entre dos secuencias. En teoría podríamos utilizar un estadístico tan sencillo como el porcentaje de posiciones cambiadas entre dos secuencias, pero la mayoría de los estadísticos tienen en cuenta que las posiciones pueden estar saturadas, es decir en el alineamiento vemos los cambios definitivos pero no aquellos que han afectado a la misma posición varias veces. Nuestro objetivo es tener una media de distancia que se comporte linealmente con el tiempo. Debido al problema saturación llegará un momento que aunque aumente el tiempo desde que dos secuencias se separaron las mutaciones quedarán enmascaradas por actuar sobre la misma posición y será difícil contabilizarlas para la distancia. Para solucionar este problema se suele utilizar un modelo de mutación mediante el que intentamos evaluar la distancia real en base a las mutaciones que podemos observar.

Modelos de sustitución

Podemos calcular las distancias entre las secuencias asumiendo distintos modelos de mutación. Hay modelos más sencillos y otros más complejos. Los más sencillos suelen ser modelos demasiado simplificados que no se corresponden demasiado bien con la realidad. Los más complejos tienen el inconveniente de repartir la información filogenética existente en el alineamiento entre demasiados parámetros por lo estos suelen estar peor determinados y sus varianzas suelen aumentar. Según los datos de los que dispongamos el modelo de mutación óptimo puede ser uno u otro. Existen programas, como jModelTest, que pueden probar todos estos modelos en nuestros datos y nos pueden recomendar qué modelo debemos utilizar para realizar un árbol de forma óptima. A continuación describimos algunos de los modelos de mutación.

Modelo Jukes-Cantor

Todas las posiciones evolucionan independientemente. Todas las bases están a igual frecuencia. Todos los cambios se producen a la misma frecuencia. Las mutaciones son fenómenos raros. d = - 3 / 4 ln ( 1 - 4 / 3 p ) p proporción de cambios entre las dos secuencias

Modelo Kimura2-parametros

Distingue entre transiciones (purina a purina o pirimidina a pirimidina) y transversiones (purina a pirimidina y viceversa) y asume que frecuencia de los diferentes nucleótidos es igual. d = - 1 / 2 ln ( 1 - 2 p - q ) - 1 / 4 ln ( 1 - 2 q ) p proporción de transiciones y q proporción de transversiones.

Modelo general

Este es uno de los modelos mas complejos. La frecuencia de los distintos nucleótidos es distinta y la tasa de cambios entre los nucleótidos es diferente para cada tipo. Además a este modelo se le puede añadir que no todas las regiones de la secuencia evolucionan a la misma velocidad (las tasas de sustitución pueden variar a lo largo de la secuencia (Distribución gamma).

Árboles basados en distancias

A partir de una matriz de distancia podemos utilizar distintos métodos estadísticos para reconstruir un árbol. Existen numerosos métodos, pero los más utilizados son el UPGMA y el Neighbor-joining. Estos métodos de creación de árboles no son específicos de la filogenia por lo que los veremos comúnmente utilizados para resolver otros tipos de problemas en los que se pretende obtener una clasificación jerárquica. Estos métodos basados en matrices de distancias son muy rápidos y permiten utilizar secuencias muy largas en un gran número de individuos con unos recursos computacionales de memoria y tiempo muy limitados. Una vez hemos creado el árbol podemos estudiar cómo de preciso es el ajuste del mismo a la matriz de datos original realizando un test de correlación cofenético. En este test a partir del árbol se calcula una nueva matriz de distancias y esta matriz se compara con la original para estudiar como de bien se correlacionan. También podemos realizar un análisis de bootstrap para validar el árbol.

UPGMA

UPGMA es un método de clustering (clasificación) que se basa en la identificación de las parejas más similares y en el cálculo de la media de las distancias entre ellas y el resto de las secuencias para reconstruir el árbol. Resulta conveniente usarlo solo si se cumple la hipótesis del reloj molecular (todas las secuencias han evolucionado a la misma velocidad) dado que genera árboles ultramétricos.

Neighbor-joining

El método de neighbor-joining es un método muy utilizado en las filogenias de secuencias. La principal diferencia respecto al UPGMA es que los árboles que genera no son ultraméticos, es por lo tanto el más recomendable si no estamos seguros de que se cumple la hipótesis del reloj molecular, es decir si esperamos que distintas ramas puedan haber evolucionado a distinta velocidad.

Máxima parsimonia

El método de máxima parsimonia se basa en la filosofía de que la explicación más simple, la que requiere menos cambios debe ser la correcta. Mediante este método se obtienen árboles que ordenan las ramas de modo tal que se minimiza el número de mutaciones que deben haber ocurrido. Para elegir el mejor árbol, el árbol que implicase menos cambios, en teoría habría que evaluar todos los árboles posibles. Este evaluación podría hacerse si el número de taxa es pequeño, pero a medida que este número aumenta el número de árbol crece desmesuradamente y no es factible evaluar todos los árboles posibles. En la práctica los programas utilizan un método heurístico para evaluar sólo los árboles más razonables y desechar directamente los más improbables. El resultado final de un algoritmo de máxima parsimonia no tiene porque ser un único árbol puesto que puede que existan varios árboles que impliquen un mismo número de mutaciones. Los caracteres pueden ser clasificados en informativos y no informativos.

La posición 1 no es informativa porque no es variable. La posición 2 sí varía, pero tampoco es informativa puesto que en cualquier árbol que podamos imaginar siempre contribuirá con una mutación. Este tipo de caracteres se denominan autoapomorfías. La posición 3 es demasiado variable puesto que cambia en todos los individuos. En cualquier árbol siempre contribuirá con un mismo número de mutaciones, Las posiciones 4 y 5 sí son informativas puesto que indican que dos de los individuos son más cercanos. Estas posiciones no serían explicadas con el mismo número de mutaciones en todos los árboles y por lo tanto pueden utilizarse para discriminar entre ellos. Este tipo de caracteres representan caracteres homólogos derivados (sinapomorfías). El método de parsimonia ha sido tradicionalmente el preferido por bastantes investigadores, pero presenta algunos problemas estadísticos sistemáticos. Se ha demostrado que éste método, en algunos casos, no garantiza encontrar el árbol correcto incluso teniendo información de un gran número de caracteres informativos. Uno de los casos en los que éste método falla sistemáticamente es el caso en el que algunas ramas sean mucho más largas que otras.

Máxima verosimilitud

El método de máxima verosimilitud busca el árbol máximoverosímil, es decir, el árbol que es más probable que haya generado los datos que hemos observado. En este método partimos de los datos y de un modelo de evolución. Partiendo de esta base se calcula la probabilidad de que nuestros datos hayan sido generado por los distintos árboles posibles y se devuelve el árbol que presenta una máxima probabilidad. Para poder calcular uno de estos árboles es imprescindible elegir un modelo de mutación a priori. Una vez determinado el modelo, el algoritmo hará una estima maximoverosímil de los parámetros relativos a las tasas de mutación así como del árbol. De modo análogo al método de parsimonia en este caso para calcular el árbol más verosímil también deberían explorarse todos los árboles posibles, pero dado que eso es computacionalmente imposible de llevar a cabo también se utilizan métodos heurísticos para explorar tan sólo los árboles más razonables. Este método tiene la ventaja frente a los de máxima verosimilitud y de parsimonia de utilizar con mayor eficiencia la información filogenética contenida en el alineamiento múltiple. Es decir, dado un mismo alineamiento éste método tiende a generar un resultado más cercano a la realidad. Este método, por ejemplo, no presenta el problema sistemático con las ramas de distinto tamaño que describimos en el método de máxima parsimonia. La desventaja principal del método es el coste de computación que conlleva. Hasta que los ordenadores no tuvieron una potencia suficiente este método no pudo aplicarse e incluso en los ordenadores modernos puede ser costoso si el número de taxa o la longitud del alineamiento son grandes.

Métodos Bayesianos

La inferencia bayesiana calcula una probabilidad posterior para cada árbol posible dado un modelo de evolución y unas observaciones. Es decir, dadas unas observaciones la inferencia bayesiana actualiza las probabilidades de que los árboles sean correctos. En caso de la filogenia bayesiana dados los datos que hemos observado, normalmente una serie de secuencias, y unas probabilidades a priori se generan unas probabilidades tanto para el conjunto de posibles árboles como para los parámetros del modelo de mutación. En este caso el modelo de mutación también debe ser elegido antes de comenzar la reconstrucción filogenética. En este método también debería calcularse la probabilidad a posteriori de todos los árboles, pero esto no es computacionalmente posible. La alternativa utilizada consiste en recurrir a cadenas de Markov que permiten ir investigando los árboles más verosímiles. Las cadenas de Markov tienen el inconveniente de caer en mínimos locales por lo que se suelen utilizar con el algoritmo Metropolis-coupled Montecarlo vía Cadenas de Marvok (MCMCMC). La implementación de referencia en este tipo de reconstrucción filogenética es el software MrBayes. Este método es el que más tiempo y recursos computacionales requiere, pero suele considerarse como el método que arroja unos mejores resultados.

Árboles con raíz

Los métodos que hemos visto producen árboles sin raíz. Un modo de asignar la raíz comúnmente utilizado es incluir un taxa que sabemos a priori que está más alejado filogenéticamente del resto. Por ejemplo, una secuencia de plantas cuando estamos analizando una filogenia de todo el reino animal. Un problema es que en algunos casos si escogemos una secuencia demasiado distinta se puede distorsionar el resto del árbol. Otro modo, menos común, de situar la raíz es asumir que se cumple la hipótesis del reloj molecular de modo que podamos elegir la secuencia más distinta como la más antigua.

Métodos de validación de árboles

Un árbol no tiene demasiada utilidad si no evaluamos su significación estadística. Un método filogenético siempre generará un resultado a partir de cualquier conjunto de datos, pero esto no implica que este resultado sea fiable. De algún modo debemos decidir en qué nodos del dendograma podemos confiar y en cuales no. En los métodos bayesianos los nodos tienen asociados una probabilidad posterior que indica la confianza que podemos tener en ellos, pero en el resto de metodologías debemos utilizar algún método para hacer esta evaluación. Un método ideal consistiría en obtener varios conjuntos de datos independientes y generar a partir de ellos distintos árboles. Comparando qué nodos son compartidos por estos árboles y cuales no podríamos hacernos una idea de qué resulta fiable y qué no. Desgraciadamente este método no resulta práctico en muchas ocasiones por lo que se han desarrollado otros algoritmos que nos ofrecen algo similar a tener varios conjuntos de datos para obtener distintos árboles. Uno de los más utilizados es el bootstrap. Este método se puede aplicar a todos los métodos y consiste en crear réplicas de los alineamientos a partir del original, eliminando cierto número de posiciones al azar en cada replica. El número final de posiciones se mantiene constante, añadiendo duplicaciones de los sitios que han permanecido. Para cada una de estas réplicas aplicaremos el método de reconstrucción filogenética y generaremos un árbol. El paso final será evaluar para cada nodo el porcentaje de árboles en los que aparece. Los nodos con un alto valor de bootstrap tienen, si se cumplen las asunciones del método utilizado, una probabilidad alta de ser correctos mientras que los que tienen un bajo valor de bootstrap podrían haberse generado simplemente por azar. Se ha discutido mucho cuales son los valores límite que indicarían que un nodo es fiable y no se ha llegado a conclusiones demasiado claras. Evidentemente un nodo que aparece en el 95 % de los árboles tiene una apariencia de ser sólido mientras que uno que aparezca en un 50% de los árboles no parece demasiado fiable. Pero en los casos intermedios es difícil llegar a una conclusión demasiado clara. Resulta común encontrar dendrogramas en los que la discusión se centra en los nodos con valores de bootstrap mayores de 70. Si generamos el árbol consenso con el programa consense del paquete phylip hay que tener en cuenta que las distancias del árbol obtenido no se corresponden con las distancias basadas en la matriz de distancias o en el número de mutaciones sino con el valor de bootstrap. En este caso particular lo único que nos debe importar es la topología. Para obtener el árbol correcto debemos aplicar los valores de bootstrap obtenidos mediante el remuestreo al árbol obtenido con todos la matriz de datos completa, sin hacer bootstrap.

Qué es el software filogenético

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Following a multiple sequence alignment, you can access the phylogenetic analysis tools by opening the Tree View and selecting the tree-building algorithm you wish to use.

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